‘오미크론 ’은  스파이크 단백질( Spike Glycoprotein, 바이러스가 숙주세포의 수용체와 결합할 때 활용 )에 돌연변이 32 개가 발생한 코로나19 변이 바이러스로 , 계통 분류체계는 B.1.1.529 이다 . 세계보건기구 (WHO)는 2021년 11월 26일 남아프리카공화국에서 확산 중인 코로나19 변이 바이러스(B.1.1.529)를 그리스 문자 알파벳 15번째 글자인 '오미크론'이라 명명하고 '우려 변이'(variant of concern)'로 지정했다. WHO 는 변이 바이러스가  ▷ 기존의 코로나 19  바이러스보다 전파성이 증가하거나 중증도에 변화가 있는 경우  ▷ 백신과 치료제 등의 유효성 저하가 확인되는 경우  ‘ 우려 ( 주요 )  변이 ’ 와  ‘ 관심 ( 기타 )  변이 ’ 로 지정해 관리하고 있다 . 

오미크론은  16 개의 돌연변이를 보유한 델타 변이 보다 그 수가 2배(32개)에 달하고,  특히  이전의 감염으로 획득한 자연면역과 백신 접종으로 생성된 면역반응을 모두 회피할 가능성이 있는 돌연변 이를 가지고 있는 것으로 확인됐다 . 또 델타 변이 가 스파이크 단백질의 수용체 결합 도메인이 2개인데 반해 오미크론의 경우 그  도메인이 10개에 달한다. 코로나19  바이러스는 표면에 튀어나온 돌연변이를 통해 숙주 세포로 침투하기 때문에, 스파이크 단백질에 돌연변이가 생기면 감염력이 높아지고 백신 내성도 나타날 수 있다 . 다만 WHO는 11월 28일 코로나 새 변이인 오미크론을 파악하는 데 시간이 더 필요하다는 입장을 보였으며, 오미크론 변이를 당국에 처음으로 보고한 남아공 의사 안젤리크 쿠체의 경우 '증상이 특이하긴 하지만 경미하다(mild)'고 밝혔다. 

오미크론은 2021년 11월 9일 수집된 표본에서 처음 확인됐으며, 11월 24일 WHO에 보고됐다. 아프리카 보츠와나와 남아공 등에서 확인된 해당 변이는  특히 남아공에서 교통의 요지인 가우텡 지방을 중심으로 빠르게 확산됐다. 그러다  남아공을 방문하고 돌아간 홍콩인에게서도 감염 사실이 확인되면서 아시아까지 확산됐다. 또 유럽에서도 벨기에에서 첫 감염 사례가 확인된 지 3일도 지나지 않아 영국, 독일, 네덜란드 등에서도 감염 사례가 나오면서 유럽에서도 오미크론 감염이 확인됐다. 

중앙방역대책본부는 2021년  11 월 27 일 오미크론의 국내 상륙을 차단하기 위해 28일 0시부터 남아프리카공화국 등 8 개국을 방역강화국가 · 위험국가 · 격리면제 제외국가로 지정하고 입국 제한 조치를 취했다 . 이에 따라 남아공 ,  보츠와나 ,  짐바브웨 ,  나미비아 ,  레소토 ,  에스와티니 ,  모잠비크 ,  말라위 등 8개국에 대한 검역조치가 강화됐다.  방역강화국가로 지정하면 비자발급이 제한되고 , 위험국가로 지정되면 해당국가에서 온  내국인은 임시생활시설에 격리되며 , 격리면제 제외국가로 지정되며 국내예방접종완료자도 격리되는 조치가 적용된다 . 아울러 해당 국가에서  경유지를 통해 한국으로 입국하는 외국인은 탑승 수속 과정에서 여권 등을 확인하여 항공기 탑승이 제한되고 , 탑승 후 국내에 들어오더라도 입국 불허가 된다 . 이에 따라  11 월 28 일부터 남아공 등 8 개국에서 온 내국인은 예방접종여부와 상관없이 10 일간 임시생활시설에서 격리 대상이 되며 , 국내 도착 전 PCR 음성확인서 소지 여부를 확인한 후 1 일차 , 5 일차 , 격리해제 전에 진단검사를 받아야 한다 .

중앙방역대책본부 가 12 월 1 일 나이지리아에서 입국한 40 대 부부를 포함한 5 명이 오미크론 변이 바이러스 확진 판정을 받았다고 밝혔다 . 이는 국내 첫 오미크론 감염 사례로 , 남아공에서 오미크론 변이가 보고된 지 9 일 만이다 . 이들 40대 부부는 11 월 14 ∼ 23 일까지 나이지리아를 방문한 뒤 24 일 귀국했으며 , 25 일 코로나 19 양성 판정을 받은 것으로 알려졌다. 그리고 이들 부부의 귀국날 함께 거주지까지 동승한 30대 남성( 백신 미접종자)도 감염이 확인됐다. 아울러  50 대 여성 2 명(모두 백신 미접종자) 역시 나이지리아를 방문한 뒤 11 월 23 일 귀국해 입국 다음날 오미크론 변이가 확진됐다 . 이에 정부는 12 월 3 일 0 시를 기해 나이지리아를 방역강화국가 · 위험국가 · 격리면제제외국가로 추가 지정한다고 밝혔다 .
여기에 정부는 오미크론의 추가 국내 유입을 막기 위해 향후 2 주간 내국인을 포함한 모든 해외 입국자에 대해 백신 접종 여부와 상관없이 10 일간의 격리조치를 실시한다고 밝혔다 . 따라서 12 월 3 일부터 16 일까지 2 주간 해외에서 들어오는 모든 여행자는 국적이나 백신 접종 여부와 관계없이 10 일간 격리된다 . 또 유전자증폭 (PCR) 검사는 입국 전후로 총 3 회 ( 입국 전 , 입국 후 1 일 차 , 격리해제 전 ) 받아야 한다 .